La División tiene como objetivo principal prevenir las siguientes enfermedades prevenibles por vacunas: Sarampión Común, Sarampión Alemán, Paperas, Polio, Difteria, Tétano, Pertusis (Tos ferina), Hepatitis B, Hepatitis A, Varicela, Influenza, enfermedad invasiva causadas por la bacteria Haemophilus Influenzae tipo B, enfermedad invasiva causada por la bacteria Streptococcus pneumoniae,  enfermedad invasiva causada por Rotavirus, enfermedad invasiva causada por la bacteria de meningococo y la infección causada por dos tipos oncogénicos del virus del Papiloma Humano, asociados al Cáncer Cervical.

Para lograr lo anterior, la División suple vacunas a todos los proveedores de servicios de vacunación acogidos al Plan de Salud del Gobierno de Puerto Rico.  Audita su manejo y se asegura que el servicio ofrecido por dichos proveedores cumpla con lo establecido por el Comité Asesor para las Prácticas de Inmunización (ACIP por sus siglas en inglés) y los Centros para el Control y Prevención de Enfermedades, (CDC por sus siglas en inglés). De igual forma promueve y educa a los padres y a la comunidad en general sobre la importancia y seguridad de las vacunas.  La División de Vacunación tiene la responsabilidad de la implementación y seguimiento de la Ley Número 25 de Inmunización.

Los servicios se ofrecen a través de 9 regiones de salud, incluyendo a Salud de la Capital.  Estas responden al nivel central y/o normativo.  La División de Vacunación no ofrece servicios directos al paciente excepto en las clínicas especiales que se realizan por temporadas, como lo es La Semana Puertorriqueña de Vacunación Infantil, “Back to School” y temporada de Influenza. 

Prevenir el desarrollo de enfermedades a través de la vacunación temprana y cimentada en el fortalecimiento del Itinerario de Vacunación para Niños y Adolescentes de Puerto Rico incluyendo el de la población adulta y en la implantación de estrategias eficaces de intervención que permitan facilitar la distribución de vacunas a los centros de vacunación así reconocidos y el acceso a estas por parte de la población en general.

Tener una población protegida contra las enfermedades prevenibles por vacunas, reduciendo los surgimientos de brotes, hospitalizaciones y muertes.