El Programa de Vacunación tiene la responsabilidad de comprar y distribuir vacunas a todos los proveedores de servicios de vacunación acogidos al Plan de Vacunación del Gobierno de Puerto Rico. Monitorea su manejo y audita el servicio que ofrecen dichos proveedores, para asegurar que los mismos estén acordes con lo establecido por el Comité Asesor para las Prácticas de Inmunización (ACIP por sus siglas en inglés) y los Centros para el Control y Prevención de Enfermedades, (CDC por sus siglas en inglés).  El Programa de vacunación es responsable  de  la implementación de la Ley Número 25 de Inmunización.