El Programa de Proficiencia de Puerto Rico comenzó en el 1958 de forma voluntaria y desde 1962 mediante Ley Estatal de forma compulsoria. Tiene su base legal estatal en la ley 97 de junio de 1962, enmendada por la Ley 132 de julio de 1974 y el Reglamento # 92 de febrero de 1999 del Secretario de Salud.

Su base legal federal es CLIA’88 de octubre de 1988 y el Reglamento Federal CRF #40 de mayo de 1990, enmendado por Reglamentación Federal # 42 de febrero de 1992. (edición en uso – IV – Octubre de 1996, revisado en Octubre de 2002)