La Secretaría fue creada bajo la Orden Administrativa # 209 de 20 de junio de 2006, la cual reorganiza la estructura organizacional del Departamento de Salud.  

Los procesos de  venta, cesión, permuta y enajenación de las instalaciones de salud  que son tramitados a través de la Secretaría,  se llevan a cabo según lo establecido en la Ley 3 del 1 de enero de 2003. 

Las funciones de la Oficina del Fondo contra enfermedades catastróficas remediables se llevan a cabo según lo establecido en la Ley 150 de 19 agosto de 1996,  según enmendada. 

La estructura para la implantación y monitoreo con el cumplimiento de la Ley HIPAA,  está regulada por la Orden Administrativa 170 del 20 de febrero de 2002